VMD 图片怎么变好看？从线框到高质量渲染

两幅均由 VMD 1.9.3 的 TachyonInternal 实际渲染，坐标和视角相同。左图是线框表示，右图调整了表示、配色、材质和光照；

1．先让结构表达清楚，再调“好看”

从 RCSB PDB 的 1UBQ 页面 下载 PDB 文件，或使用配套的 1ubq.pdb。建议新开一个 VMD 会话，通过 File → New Molecule 加载它，然后打开 Graphics → Representations，选中已有表示，按下表修改。

选择语句只是隐藏了本次不展示的水等组分，没有修改原始坐标。本篇演示整体折叠；如果你研究的是活性位点、氢键或配体接触，需要另外添加对应的原子表示，不能只靠卡通图说明相互作用。

2．统一背景，再打开柔和光照

在 Extensions → Tk Console 打开命令窗口，逐行执行下面的设置。这里把 0 号颜色改成偏柔和的蓝色，同时使用白底、正交投影并隐藏坐标轴。

color change rgb 0 0.25 0.48 0.64
color Display Background white
axes location Off
display projection Orthographic
display depthcue off
display backgroundgradient off

接着打开 Display → Display Settings，将 Shadows 和 Amb. Occl. 设为开启，AO Ambient 设为 0.8，AO Direct 设为 0.3。这组数值来自 VMD 官方教程的起始建议，也用于本例；它不是所有体系通用的最佳值。对应命令如下：

display shadows on
display ambientocclusion on
display aoambient 0.8
display aodirect 0.3

这两幅保留相同坐标、视角、颜色和 AOChalky 材质。左图关闭阴影与环境光遮蔽；右图开启二者，并采用上述 AO 系数。这里对比的是整组光照设置。

设置后，交互窗口可能看不出相应变化，需要重新渲染检查。 本例的改善主要体现在交叠、凹陷处的层次。若出现大面积发白或暗部堵死，先调整光照系数和视角，再决定是否换材质，不必一次把所有参数都改掉。

3．导出文件，并保存可复现的场景

在 File → Render 中选择 TachyonInternal，设置输出路径，例如 1ubq_ao.tga，点击 Start Rendering。本例使用 TGA 输出，再无损转存 PNG 用于排版。不要只修改文件后缀来“转换格式”；可用支持 TGA 的图像软件打开后另存为 PNG。

如果希望完全重现文中的视角、表示细节和三张原始图，解压配套练习包，在新开的 VMD 的 Tk Console 中进入文件夹，再执行脚本。例如 Windows 下：

cd {D:/simuhome/series03_vmd}
source render_compare.tcl

把第一行换成自己的实际路径。脚本会加载 1ubq.pdb，依次生成线框、普通光照卡通和 AO 卡通三张 TGA，并保存 1ubq_scene.vmd。本次在 Linux 文本模式下实际得到 1400 × 1200 像素的原始图；桌面版的窗口尺寸可能受屏幕限制，运行后以输出文件的实际尺寸为准。若需要更大尺寸，可另用外部 Tachyon 的分辨率选项，不必先放大一张小图。

用于论文时，还要按版面检查线条、标注和颜色图例。渲染改变的是展示方式，不会让结构本身更可靠。坐标文件、绘图脚本和最终图片一起保留，后续换配色、改角度或统一整组图时会方便很多。

至此，这个系列完成了三件事：选择静态配图风格、制作结构旋转动图，以及用 VMD 整理和渲染蛋白场景。你下一张图最需要解决的是结构看不清、局部被挡住，还是同一组图的风格不统一？欢迎留下具体问题。

来源：模拟之家