刘建川・GROMACS分子动力学如何做交联模拟？

本课适合哪些人学习：

- 刚入门分子模拟的研究生：如果你正在为如何建立聚合物网络模型而发愁，这场直播将为你打开一扇门。

- 高分子/膜科学领域的科研人员：无论是研究海水淡化膜、燃料电池质子交换膜，还是刺激响应性水凝胶，交联结构的构建都是你的必修课 。

- 计算化学从业者与发烧友：希望了解GROMACS在复杂材料体系（如聚酰胺、环氧树脂）中的前沿应用，扩展自己的技术边界 。

- 材料模拟软件的工具开发者：GROMACS的集成方式感兴趣，寻求开发自定义交联模块的灵感。

不管您是刚入门计算模拟，还是已有基础希望掌握更高级的分析技能，本次直播都将为你提供清晰的路径和实用的工具箱。

你会得到什么：

1、获得一套清晰的“破冰”认知。很多初学者面对一个复杂的拓扑文件，感觉像在看天书。直播结束后，你将彻底理解ITP文件和TOP文件分别是谁、负责干什么的。你会明白为什么GROMACS要把它们分开，以及它们之间是如何通过#include指令“手拉手”联系起来的。这能帮你在头脑中建立起分子建模的“骨架”。

2、获得一种“看图说话”的硬技能。当导师给你一个陌生的分子，或者你从网上下载到一个配体的参数时，你将具备独立阅读和修改ITP文件的能力。你会知道在哪里找原子的电荷信息，在哪里修改成键的参数，甚至能识别出常见的报错原因（比如原子类型不匹配、索引重复），从此告别盲目复制粘贴和遇到报错就束手无策的窘境。

3、获得一份拿来就用的“避坑指南”与模板。- 我会分享我平时写拓扑文件时的一些小技巧，比如如何规范命名原子类型以避免力场冲突，如何手动搭建一个简单的配体ITP文件。直播结束后，我会分享一份常用的TOP文件结构模板和关键参数速查表，让你在搭建自己第一个模拟体系时，能有一份参考资料在手，心里更有底。

课程介绍：

一、主讲嘉宾

刘建川（刘十三）   仿真秀优秀讲师，资深分子模拟专家，北京大学博士后，在Advanced Functional Materials、JACS、Langmuir、Solar RRL、JPCC等国际权威 SCI 期刊累计发表学术论文10 余篇，14 年深耕 GROMACS 分子动力学模拟科研与教学

代表课程：《GROMACS新手进阶必修课20讲：开启分子模拟科研之旅(2024版)》《GROMACS 分子动力学模拟培训》

技术答疑和服务：请点击这里》》》分子动力学、第一性原理计算一对一指导、答疑

线上线下培训：GROMACS分子动力学模拟全流程实战（即将开班-点击报名）

二、讲课主要内容

传统的GROMACS模拟往往局限于线性聚合物，面对复杂的交联反应，大多数研究者被困在“如何成键”、“如何平衡体系”、“如何分析孔径”的第一步 。

本次直播，我们将以高水平论文工具GMXPolymer为切入点 ，讲解一个交联聚合物的案例。我们将带你穿透交联模拟的“黑箱”，掌握从单体混合到三维网络生成的全流程技巧。

第一部分：痛点剖析——交联模拟为什么难？

在这一环节，我们将直面交联模拟的核心难点：传统MD模拟无法动态生成反应键，导致交联结构构建受阻。我们会详细拆解力场与电荷分配的选择，帮助大家厘清概念，避开新手常见的“拓扑文件”陷阱，从原理上理解交联模拟的底层逻辑。

第二部分：工具实操——GMXPolymer脚本深度解读

接下来，我们将深入开源工具GMXPolymer的代码结构与运行逻辑（Python   GROMACS 集成）。你将看到如何准备输入文件，如何定义反应性基团（如羧基与胺基），以及交联过程中成键搜索算法与截断半径的设置。通过可视化交联过程，你不仅能学会使用工具，更能理解每一步操作背后的意义。

第三部分：案例复现——构建交联体系进行模拟

进入实战环节，我们将带领大家一步步完成从无定形盒子到逐步交联的“干膜构建”，解决系统密度稳定性问题。