1、计算化学/材料模拟领域的研究生与科研人员:希望系统学习溶液体系的分析方法,提升数据挖掘深度。
2、物理化学、软物质科学方向的学习者。
3、所有被“ITP”、“TOP”等问题困扰,并渴望用计算手段解决的研究者!
4、无论你是刚入门计算模拟,还是已有基础希望掌握更高级的分析技能,本次直播都将为你提供清晰的路径和实用的工具箱。
本次直播,我将带你从零解剖GROMACS的“灵魂文件”——ITP与TOP。不讲废话,只讲干货,帮你理清分子建模的数据逻辑,掌握手动修改参数的硬核技能,从此告别玄学报错!
1、获得一套清晰的“破冰”认知。很多初学者面对一个复杂的拓扑文件,感觉像在看天书。直播结束后,你将彻底理解ITP文件和TOP文件分别是谁、负责干什么的。你会明白为什么GROMACS要把它们分开,以及它们之间是如何通过#include指令“手拉手”联系起来的。这能帮你在头脑中建立起分子建模的“骨架”。
2、获得一种“看图说话”的硬技能。当导师给你一个陌生的分子,或者你从网上下载到一个配体的参数时,你将具备独立阅读和修改ITP文件的能力。你会知道在哪里找原子的电荷信息,在哪里修改成键的参数,甚至能识别出常见的报错原因(比如原子类型不匹配、索引重复),从此告别盲目复制粘贴和遇到报错就束手无策的窘境。
3、获得一份拿来就用的“避坑指南”与模板。- 我会分享我平时写拓扑文件时的一些小技巧,比如如何规范命名原子类型以避免力场冲突,如何手动搭建一个简单的配体ITP文件。直播结束后,我会分享一份常用的TOP文件结构模板和关键参数速查表,让你在搭建自己第一个模拟体系时,能有一份参考资料在手,心里更有底。
刘建川(刘十三) 仿真秀优秀讲师,资深分子模拟专家,北京大学博士后,在Advanced Functional Materials、JACS、Langmuir、Solar RRL、JPCC等国际权威 SCI 期刊累计发表学术论文10 余篇,14 年深耕 GROMACS 分子动力学模拟科研与教学
代表课程:《GROMACS新手进阶必修课20讲:开启分子模拟科研之旅(2024版)》《GROMACS 分子动力学模拟培训》
技术答疑和服务:请点击这里》》》分子动力学、第一性原理计算一对一指导、答疑
线上线下培训:GROMACS分子动力学模拟全流程实战(即将开班-点击报名)
1、ITP/TOP参数原理介绍
2、如何整理ITP/TOP进行模拟
3、分子动力学案例讲解
4、技术互动交流