让分子转起来：用 xyzrender 制作旋转动图

上一篇，我们用同一份咖啡 因结构比较了四种配图风格。这次继续使用这个文件，做一张能从不同方向观察结构的旋转动图。先看实际效果：

这里转动的是结构的展示视角。 输入只有一帧坐标，分子内部构象没有随时间变化，因此不能把这张图当作分子动力学轨迹，也不能据此讨论分子的运动机制。

1．准备好文件，一条命令生成 GIF

如果已经做过上一篇，直接使用原来的 Python 环境和 caffeine.xyz。首次操作可以在终端安装本篇实测版本，再从 项目示例 下载结构文件；配套练习包也保留了这份文件。

python -m pip install xyzrender==0.3.8

把终端切换到结构文件所在的文件夹，完整复 制下面这一条命令。页面中的自动折行不代表需要拆成多条命令。

xyzrender caffeine.xyz --config pmol --no-hy --bo --gif-rot y --rot-frames 80 --gif-fps 20 -S 720 -go caffeine_y.gif

运行结束后，用浏览器打开 caffeine_y.gif 就能查看。pmol 沿用上一篇的分色连线风格，--no-hy 在这个例子中省略连接在碳上的氢，--bo 显示程序识别的键级。动图输出使用 -go，静态图输出使用 -o，两者不要混用。

2．方向、速度和清晰度，主要看这几个参数

如果想看另一个方向，只改旋转轴和文件名，其他设置保持一致：

xyzrender caffeine.xyz --config pmol --no-hy --bo --gif-rot x --rot-frames 80 --gif-fps 20 -S 720 -go caffeine_x.gif

想让一圈从约 4 秒变成约 8 秒，可以保留 80 帧，把 --gif-fps 20 改成 --gif-fps 10。本例两种设置均已实测。总时长可以先用“帧数 ÷ 帧率”估算，但 GIF 的时间精度及不同播放器可能造成细小差异。放慢播放也会降低时间上的流畅度；如果既要慢又要顺滑，可以增加总帧数，同时保留较高帧率。

3．换成自己的分子，先检查再展示

把命令中的 caffeine.xyz 换成自己的结构文件，并另起输出文件名即可。第一次先用较小尺寸和较少帧数预览，确认没有裁切、遮挡或错误成键，再提高输出设置。XYZ 主要保存元素与坐标，自动识别出的连接和键级仍需核对，含金属或非典型成键的结构尤其如此。

这类旋转图适合展示小分子的空间外形、辅助组会讲解。如果你要展示蛋白构象变化、配体进入口袋或扩散过程，需要使用真正包含连续时间帧的轨迹。公众 号上传后也要实际预览一次，确认 GIF 能播放；这张咖 啡因示例不能代表复杂体系的渲染耗时和文件大小。

这次完成了静态结构到旋转动图的转换。下一篇回到 VMD，用同一个蛋白结构对比线框、卡通表示和 Tachyon 光影设置，把每一步的变化直接摆出来。