刘建川・Gromacs实战｜作图神器一键出论文级高清图

大家好，我是刘建川，14年深耕GROMACS分子模拟领域，始终专注分子模拟实战。我将拆解分子模拟核心工具，帮你理清使用技巧、避开操作误区，真正做到高效出图。

xyzrender 是一个用于生成高质量分子结构图像的 Python 命令行工具，由 BNNLab 开发，旨在帮助科研人员和开发者将分子结构文件渲染为可用于学术论文或网站的出版级图像。简单来说，如果你手头有一个描述分子三维坐标文件，就可以用 xyzrender 将其一键转换成美观的、可以直接用于发表的图片。下图即为其输出的图片案例：

它支持的输入也是非常广的，包括：XYZ、Mol、SDF、MOL2、PDB、SMILES、CIF、cube、ORCA、Gaussian、Q-Chem 等软件的输出文件。可以输出SVG、PNG、PDF、GIF动画等格式的文件。

项目代码已在GitHub开源：https://github.com/aligfellow/xyzrender

1. 一条命令快速出图

xyzrender molname.xyz

默认输出是xvg文件，可以使用-o参数指定输出其他格式文件，如输出png，则使用：

xyzrender molname.xyz -o molname.png

还可以更改作图风格，风格多样，如下所示：

2. 安装方法

pip install xyzrender

3. 使用命令

xyzrender caffeine.xyz                    # render XYZ → SVG                      xyzrender calc.out                      # QM output (ORCA, Gaussian,etc.)    xyzrender caffeine.xyz -o render.png      # explicit output path/format      xyzrender caffeine.xyz --config paton --hy -o styled.svg # preset+show hydrogens  xyzrender caffeine.xyz --config pmol --hy -o pmol.svg   # ball-and-stick + element-coloured bonds                                                         xyzrender caffeine.xyz --config graph -o graph.svg     # minimalist graph-style rendering                                                                     xyzrender sn2.out --ts --hy -o ts.svg              # auto-detect TS bonds   xyzrender caffeine.xyz --gif-rot -go caffeine.gif         # rotation GIF

还可以使用API方式调用作图：

from xyzrender import load, render, render_gif                                   mol = load("caffeine.xyz")                                                   render(mol)      # displays inline in Jupyter                           render(mol, output="caffeine.svg")   # save as SVG/PNG/PDF               render(mol, config="paton", hy=True) # all CLI flags as kwargs           render_gif(mol, gif_rot="y")      

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