关键词:GROMACS;NaCl;气液界面; 分子动力学;packmol
海水淡化、海气相互作用及储能电解质等领域,需要研究盐溶液在气‑液界面处的微观结构和动态行为。相比宏观实验,分子动力学(MD)模拟可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面处的分布与取向,为理解表面张力、离子特异性(Hofmeister 效应)等提供原子级证据。而GROMACS作为一种高效的开源MD模拟软件,在模拟盐水溶液气液界面方面具有强大的技术支持。本案例基于GROMACS,研究氯化钠气液界面体系中离子和水分子的分布情况。
在本案例中,我们模拟对象为氯化钠水溶液-真空体系,水分子采用spce水模型。首先创建3*3*3nm的水盒子:
gmx solvate -box 3 3 3 -o waterbox.gro
增大盒子的尺寸,往外扩展出真空区域
gmx editconf -f waterbox.gro -o newbox.gro -box 3 3 8
把一部分水分子替换成20个Na+和20个Cl-离子:
gmx genion -s em.tpr -p top.top -o NaCl.gro -np 20 -nn 20
产生的初始模型如图1所示:

图1 氯化钠水溶液-真空初始结构
经过能量极小化和5ns的平衡模拟后,其结构如图2所示:

图2 氯化钠水溶液-真空平衡模拟后结构
统计Na+和Cl-离子在模拟期间沿着Z方向的数密度分布,如图3所示,可以看到,界面处的Na+和Cl-离子的数密度分布比体相更高。

图3 Na+ 离子和Cl-离子的数密度分布
我们也统计了水分子的数密度分布,如图4所示。可以看到,由于水分子的数目远多于离子,所以曲线要光滑很多。

图4 水分子的数密度分布

图5 水分子的电荷密度分布
还可以进一步统计水分子的电荷密度分布,如图5所示。可以看到,由于H带正电荷,O带负电荷,因此意味着在界面处水分子倾向于用H原子朝着真空区。
本案例展示了基于 GROMACS 的氯化钠溶液气‑液界面 MD 模拟,为深入理解盐溶液界面现象提供了可复 制、可扩展的模拟范式。对于海水淡化膜研发、界面电化学或者大气科学,均具有参考意义。