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基于GROMACS的氯化钠气液界面分子动力学模拟

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关键词:GROMACS;NaCl;气液界面; 分子动力学;packmol

海水淡化、海气相互作用及储能电解质等领域,需要研究盐溶液在气‑液界面处的微观结构和动态行为。相比宏观实验,分子动力学(MD)模拟可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面处的分布与取向,为理解表面张力、离子特异性(Hofmeister 效应)等提供原子级证据。而GROMACS作为一种高效的开源MD模拟软件,在模拟盐水溶液气液界面方面具有强大的技术支持。本案例基于GROMACS,研究氯化钠气液界面体系中离子和水分子的分布情况。

初始模型的构建

在本案例中,我们模拟对象为氯化钠水溶液-真空体系,水分子采用spce水模型。首先创建3*3*3nm的水盒子:

gmx solvate -box 3 3 3 -o waterbox.gro

增大盒子的尺寸,往外扩展出真空区域

gmx editconf -f waterbox.gro -o newbox.gro -box 3 3 8

把一部分水分子替换成20个Na+和20个Cl-离子:

gmx genion -s em.tpr -p top.top -o NaCl.gro -np 20 -nn 20

产生的初始模型如图1所示:


图1 氯化钠水溶液-真空初始结构

模拟结果分析

经过能量极小化和5ns的平衡模拟后,其结构如图2所示:


图2 氯化钠水溶液-真空平衡模拟后结构

统计Na+和Cl-离子在模拟期间沿着Z方向的数密度分布,如图3所示,可以看到,界面处的Na+和Cl-离子的数密度分布比体相更高。


图3 Na+ 离子和Cl-离子的数密度分布

我们也统计了水分子的数密度分布,如图4所示。可以看到,由于水分子的数目远多于离子,所以曲线要光滑很多。


图4 水分子的数密度分布


图5 水分子的电荷密度分布

还可以进一步统计水分子的电荷密度分布,如图5所示。可以看到,由于H带正电荷,O带负电荷,因此意味着在界面处水分子倾向于用H原子朝着真空区。

结语

本案例展示了基于 GROMACS 的氯化钠溶液气‑液界面 MD 模拟,为深入理解盐溶液界面现象提供了可复 制、可扩展的模拟范式。对于海水淡化膜研发、界面电化学或者大气科学,均具有参考意义。


来源:320科技工作室
化学储能分子动力学GROMACS
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2026-01-05
最近编辑:7月前
320科技工作室
硕士 | 结构工程师 微❤️ CAE320
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