首页/文章/ 详情

基于GROMACS的水中的碳纳米管分子动力学模拟

2月前浏览759

关键词:GROMACS;碳纳米管;分子动力学;氢键分析;水分子分布

背景介绍

水在纳米限域环境中的行为与体相显著不同:在足够狭窄的 CNT 内,水分子可能排成单列(single-file)并呈现异常高的通量、取向有序与重构的氢键网络,这些现象为海水淡化、纳流体器件与仿生通道设计提供了新思路。分子动力学模拟能够从原子级别的微观尺度来考察水分子在各种受限环境中的分布情况。

本案例基于GROMACS软件,模拟分析浸在水中的碳纳米管,探索水分子在一维受限碳纳米管道中的分布。

初始模型构建

首先通过VMD的Extensions-Modelling-Nanotube builder模块构建手性为(10,10),长度为3nm的碳纳米管,如图1所示:

图1 构建的碳纳米管结构

对碳纳米管体系填充水分子,并去除掉管内的水分子,如图2所示

图2 碳纳米管-水混合结构

首先进行能量最小化:

gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p top.top -o em.tpr -maxwarn 1

gmx mdrun -v -deffnm em

能量最小化后进行2 ns的平衡模拟:

gmx grompp -f md.mdp -c em.gro -p top.top -o md.tpr -maxwarn 1

gmx mdrun -v -deffnm md

模拟分析

从模拟结果可以看出,随着模拟的进行,碳纳米管外的水分子逐渐自发进入碳纳米管中,如图3所示:

图3 模拟过程中水分子进入碳纳米管过程

从水分子和氢键的分布情况可以看出,无论是管内还是管外,水分子都倾向于贴着管壁有序分布,如图4和图5所示:

图4 水分子在碳纳米管中的分布

图5 水分子氢键叠加图

结语

本案例展示了基于 GROMACS成功实现浸润在水中的碳纳米管分子动力学模拟,希望为相关科研与工程实践提供有效参考。

来源:320科技工作室
分子动力学仿生GROMACS管道
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2026-07-30
最近编辑:2月前
320科技工作室
硕士 | 结构工程师 微❤️ CAE320
获赞 243粉丝 447文章 503课程 0
点赞
收藏
作者推荐

黄永刚晶体塑性UMAT子程序相关教学

FCC/BCC改成HCP黄永刚本构模型适用于立方晶体,FCC/BCC,由于三个轴是相互正交的,通过输入三指数来描述,(hkl)用于晶面,[uvw]用于晶向在黄永刚的UMAT中可以根据输入的三指数,自动生成所有的滑移方向和滑移面法向。但是该代码不适用于密排六方的本构晶体。对于密排六方晶体(HCP)结构,滑移面和滑移方向通常采用四指数法来描述:(hkil) 用于晶面, [uvtw] 用于晶向本教学提供基于输入的四指数自动生成所有滑移方向和滑移面法向的代码,适用于HCP的晶体塑性计算,并提供材料参数说明。加JC本构Johnson-Cook本构模型用于描述材料在动态载荷下的本构行为,其核心思想在于材料的流动应力取决于塑性应变、应变率和温度三者耦合作用。可以在黄永刚晶体塑性的UMAT中加入JC本构模型,使该本构模型考虑应变率硬化和温度软化。修改方法在于修改硬化模型,其硬化模量计算公式如下:Voronoi多晶结构进行材料随机取向赋值脚本晶体塑性本构用于描述单晶的行为,然而大多数材料是由多晶构成的,采用晶体塑性UMATs进行多晶的仿真,可以借助Voronoi多晶模型,即生成具有多晶结构的代表性体积单元、模型。当晶粒较多时,采用人工给不同晶粒逐一设置材料取向信息过程繁琐,可以采用脚本进行取向赋值,脚本支持随机取向或者具有织构的取向。脚本演示如下。在滑移的基础上考虑孪晶系在传统晶体塑性理论中,除了常规滑移变形外,还引入孪晶作为另一种独立的塑性机制。当考虑了孪晶后,模型变为:这类模型还可以拓展为形状记忆合金相变+塑性的晶体塑性本构。修改VUMATUMAT主要应用于隐式分析,而对于大变形接触问题,隐式分析往往计算效率较低。对于接触、碰撞、冲击等问题采用VUMAT往往具有更高的计算效率和收敛速度。可以将UMATs修改为VUMAT,用于隐式分析。本教学提供修改方法、代码及案例。添加损伤本构晶体在滑移的作用下如何产生永久变形。采用黄勇刚晶体塑性本构可以模拟出晶体在恒定载荷下产生的蠕变。由于塑性变形进一步地会出现刚度下降,承载力下降的情况。标准的晶体塑性模型,无法描述这一现象,但如果在此基础上引入连续损伤本构模型,定义损伤因子,并将连续损伤因子与切应力关联,可以实现对材料损伤的仿真。添加背应力背应力是描述运动硬化和包辛格效应的关键机制,背应力演化公式:其中,是第个滑移系的背应力变化率。添加背应力前后,循环曲线如下图所示:添加蠕变和损伤蠕变模型公式:第一项:纯蠕变贡献,第二项,损伤耦合贡献。添加蠕变前后,计算的位移-时间曲线如下:另外,该模型也可以用于计算晶体塑性低周疲劳,载荷谱及计算结果如下图所示:(不考虑蠕变)(考虑蠕变)晶体塑性损伤+单元删除切削案例上述(1)-(9)的修改可以根据用户的材料特性,科研需求,组合定制本构子程序,可以提供教学+代码+案例,或者单独提供代码+案例。来源:320科技工作室

未登录
还没有评论
课程
培训
服务
行家
VIP会员 学习计划 福利任务
下载APP
联系我们
帮助与反馈