关键词:GROMACS;碳纳米管;分子动力学;氢键分析;水分子分布
水在纳米限域环境中的行为与体相显著不同:在足够狭窄的 CNT 内,水分子可能排成单列(single-file)并呈现异常高的通量、取向有序与重构的氢键网络,这些现象为海水淡化、纳流体器件与仿生通道设计提供了新思路。分子动力学模拟能够从原子级别的微观尺度来考察水分子在各种受限环境中的分布情况。
本案例基于GROMACS软件,模拟分析浸在水中的碳纳米管,探索水分子在一维受限碳纳米管道中的分布。
首先通过VMD的Extensions-Modelling-Nanotube builder模块构建手性为(10,10),长度为3nm的碳纳米管,如图1所示:
图1 构建的碳纳米管结构
对碳纳米管体系填充水分子,并去除掉管内的水分子,如图2所示
图2 碳纳米管-水混合结构
首先进行能量最小化:
gmx grompp -f em.mdp -c mix.gro -p top.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm em
能量最小化后进行2 ns的平衡模拟:
gmx grompp -f md.mdp -c em.gro -p top.top -o md.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm md
从模拟结果可以看出,随着模拟的进行,碳纳米管外的水分子逐渐自发进入碳纳米管中,如图3所示:
图3 模拟过程中水分子进入碳纳米管过程
从水分子和氢键的分布情况可以看出,无论是管内还是管外,水分子都倾向于贴着管壁有序分布,如图4和图5所示:
图4 水分子在碳纳米管中的分布
图5 水分子氢键叠加图
本案例展示了基于 GROMACS成功实现浸润在水中的碳纳米管分子动力学模拟,希望为相关科研与工程实践提供有效参考。