刘建川・分子模拟实战｜GROMACS计算局部应力（MDStress）

Juan课题组在官方GROMACS源码基础上，开发了支持局部应力计算的定制版本，相关工具与文档可查阅官方网站：https://mdstress.org/

MDStress项目包含两大核心工具：

• GROMACS-LS：面向局部应力计算的修改版GROMACS，可对已有模拟轨迹做后处理分析
• MDStress library：独立C++库，可集成至其他程序，支持多种形式的局域应力计算

一、轨迹预处理（分子居中）

计算应力张量需使用同时包含位置与速度信息的**.trr**轨迹文件；为避免体系漂移影响结果，需先用trjconv_LS将目标分子居中于模拟盒，以POPE膜体系为例：

trjconv_LS -f traj.trr -o traj_centered.trr -n index -center -s topol.tpr

运行后按提示选择用于居中的原子组，即可完成轨迹预处理。

二、应力计算流程

完成GROMACS-LS安装后，将已跑完的轨迹按照官方教学文档执行rerun操作，即可输出体系各方向的应力张量数据。 工具安装、参数设置与详细分析步骤，可参考官网文档板块，也可加入模拟之家QQ群：709020941免费获取全套教程与支持。

整套操作流程简洁清晰，完成轨迹预处理与rerun后，便可稳定获取体系的应力分布数据，支撑后续科研分析与图表绘制。