刘建川・GROMACS 实战 | ATB 生成小分子 TOP (ITP)
今天给大家详细讲解如何用ATB网站生成小分子力场文件。生成小分子力场文件有多种方式，后续会做成专题系列逐一讲解，本篇先手把手教大家ATB网站完整用法。 注意：ATB网站默认生成 gromos54a7 力场参数文件。
在使用ATB网站生成ITP文件前，需要先注册专属账号，官网地址如下： https://atb.uq.edu.au/
打开网址后自行注册、登录即可进入操作界面。
首先用VMD、PyMOL等可视化工具，提前建好目标小分子结构，保存为PDB格式结构文件，之后进入网页上传提交，完整操作步骤如下：
一、分子提交基础设置
1、点击网页左上角 Submit 进入分子提交页面。
Molecule type：按分子类别选择，不清楚分类保持默认即可； *Net charge (e)*：填写分子实际所带电荷，例：0、-1、+1 等； Coordinates 结构上传方式 共4种： 在线画图工具绘制/修改分子 输入SMILES表达式 上传本地PDB文件 直接粘贴PDB文本内容
选择上传PDB文件，导入提前准备好的小分子PDB结构。
2、文件上传完成后，点击 Next 进入下一步。
二、调用已有分子 / 提交新分子
1、进入参数确认界面。
2、可直接点击左下角 Submit This Molecule 提交自定义分子； 若为常见小分子，ATB数据库中已有现成参数，页面下方会展示匹配分子，优先选择RMSD数值最小的版本，点击 Add to Saved Molecule 保存，后续流程一致。
三、等待结构优化与邮件通知
提交分子后，网站会自动进行结构优化与量化计算，系统会发送邮件告知开始计算； 计算完成后同样会收到完结邮件。分子越大计算耗时越久，大分子可能需要数天，耐心等待即可。
四、下载MD模拟力场文件
1、计算完成后，点击个人账户下拉菜单，选择 Saved Molecules。
2、找到自己提交的分子条目，点击前方编号进入详情页；若分子结构计算异常，网站会直接提示报错。
3、进入详情页后，点击 Molecular Dynamics（MD）Files。
4、网站提供全原子力场和联合原子力场两套ITP、PDB文件，按需下载保存。 重要提醒：ITP与PDB文件必须对应匹配；若是对接后的小分子，不想改变原有坐标，选择 original geometry 即可保留原始结构。
五、文件引入与模拟设置
1、保存好ITP和PDB文件后，将ITP文件通过#include方式引入总TOP文件中。 注意：TOP文件中分子名称，必须和ITP文件里[ moleculetype ]字段下的名称保持一致；构建模拟盒子时，务必使用ATB下载的新PDB文件，不要使用最初自建的原始PDB。
2、ATB网站使用专属自定义原子类型，直接调用GROMACS自带gromos54a7力场会报错：
解决办法：必须从ATB官网下载专属的gromos54a7力场文件夹，放到模拟工作目录；TOP文件中放弃调用GROMACS自带力场路径，改为本地ATB力场文件夹路径，路径务必填写准确。
六、下载ATB专属力场文件
1、点击网页导航栏 Others，选择 Forcefield Files 进入力场下载页面。
2、选中对应版本的gromos54a7力场，下载保存到本地即可使用。
以上就是借助ATB网站生成GROMACS小分子TOP、ITP力场文件的完整实操流程。全程跟着步骤操作，就能快速产出适配gromos54a7力场的拓扑与结构文件，同时规避原子类型缺失、力场路径错误、分子坐标错乱等高频问题。
后续我还会持续更新OPLSAA、Amber (GAFF) 、CHARMM 等其他小分子力场生成教程，带你掌握多种主流制作方法，轻松搞定各类有机小分子、药物分子的模拟拓扑构建。想学习更多GROMACS实战干货，可以持续关注跟进。
