如何使用AmberTools生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件
在我们模拟之家公众 号前期的内容讲了如何安装Ambertool和acpype安装和使用。但是该教程基于acpype软件，其通过-a选项可以指定的力场仅有：gaff,amber,gaff2,amber2这四种。如果模拟过程中，我们体系有纤维素(多糖)及其衍生物结构，也可以使用gaff2,amber2力场来生成TOP文件。但是，目前使用比较广泛的纤维素(多糖)及其衍生物力场是GLYCAM力场。本教程即为大家讲解如何通过AmberTools和acpype结合，生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物结构的TOP文件。
# 1、构建多糖的pdb文件（略）
# 2、生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件
激活AmberTools环境之后，使用下面的shell脚本自动生成
mol=glycan # pdb文件名称antechamber -i $mol.pdb -fi pdb -o $mol.mol2 -fo mol2 -c bcc -at amber -pf y# 2. 检查补充缺失参数parmchk2 -i $mol.mol2 -f mol2 -o $mol.mod# 3. 生成AMBER参数文件和坐标文件echo "source ./leaprc.glycam_06j-1" > tleap.inecho "loadamberparams $mol.mod" >> tleap.inecho "mol=loadmol2 $mol.mol2" >> tleap.inecho "check mol" >> tleap.inecho "saveamberparm mol $mol.prm $mol.crd" >> tleap.inecho "quit" >> tleap.intleap -f tleap.in# 4. 生成GROMACS拓扑文件和坐标文件acpype -p $mol.prm -x $mol.crd -d
END
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首次发布时间：2025-06-21
最近编辑：1年前
博士
分子模拟实战、GROMACS
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1条评论
签名征集中
大佬好！我是做AI+CAE设计仿真优化软件的（设计仿真流程集成自动化、用代理模型及算法加速设计迭代），您这边有没有仿真优化的项目啊，有机会聊聊吗？
联系电话 18943107751
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