服务：
- 课程资料下载
- 在线开票
- 提供培训通知
本课适合哪些人学习：
这套课程适合已经具备一定 GROMACS 基础，希望进一步处理受限空间、固体基底、界面体系、纳米通道或墙面约束体系的硕士、博士及科研人员。
正在研究液体/溶液—固体界面，希望在 GROMACS 中建立虚拟基底的人
需要构建上下两面墙、纳米限域、狭缝体系的 GROMACS 用户
不想显式搭建大量固体原子，希望通过 wall 势函数实现基底效果的人
经常看到 nwall、wall_type、wall-density、wall-atomtype 等参数，但不知道具体怎么配置的人
不清楚虚拟墙体系中 PBC、Ewald、压力耦合应该如何设置的人
希望模拟水、离子、分子、聚合物等在固体表面附近行为的科研人员
已经有常规溶液体系，希望进一步扩展到表面吸附、界面行为和限域体系模拟的人
你会得到什么：
1｜真正理解 GROMACS 虚拟墙怎么设置
课程会结合实际 MDP 参数，讲清楚一面墙和两面墙如何设置、9-3 类型墙势如何使用、wall-density 的意义、wall-r-linpot 的作用，以及 Ewald 与虚拟墙如何配合。
一面墙和两面墙的配置逻辑
9-3 Wall 势函数的使用方法
wall-density、wall-r-linpot、wall-ewald-zfac 等关键参数
wall0 / wall1 能量组的含义与使用
2｜掌握虚拟墙体系的 PBC 与压力耦合
虚拟墙体系不能完全照搬普通三维周期体系。课程会结合 pbc = xy、ewald_geometry = 3dc 以及 semiisotropic 压力耦合，讲清楚边界条件与压强设置，帮助避免“墙参数写对了，但体系边界条件却设置错了”的问题。
3｜学会给虚拟基底定义实际相互作用参数
虚拟墙不是简单写一个 nwall = 2 就结束，还需要在拓扑中定义墙对应的原子类型和势参数。课程以 SiO₂ 基底为例，演示如何在 TOP 文件中加入相应的 [ atomtypes ] 参数，让体系中的粒子真正与虚拟墙发生设定好的相互作用。
关键理解：虚拟墙的位置定义，和虚拟墙“是什么材料、怎么相互作用”，其实是两个不同层面的问题。
4｜掌握从普通盒子到墙体系的实际转换
课程还会演示如何将已有体系改造成可运行的虚拟墙体系，包括：准备平衡后的模拟盒子、沿 Z 方向移动体系、为上下两面墙预留空间、重新调整盒子 Z 方向尺寸，并最终完成 grompp 与 mdrun 模拟。
课程介绍：
本套课堂围绕 GROMACS 虚拟墙功能设计的专题实战课程，基于 GROMACS 2026.3 以上版本进行实操演示。
课程围绕“如何在不显式构建大量固体原子的情况下，在 GROMACS 中实现虚拟基底或限域墙面”这一实际问题展开。
· ✓ GROMACS 虚拟墙基本原理
· ✓ nwall 参数设置
· ✓ 9-3 Wall 势函数
· ✓ wall-atomtype 设置
· ✓ wall-density 参数
· ✓ wall-r-linpot 设置
· ✓ wall-ewald-zfac 与 Ewald 设置
· ✓ pbc = xy 的边界条件
· ✓ semiisotropic 压力耦合
· ✓ TOP 文件中虚拟墙参数定义
· ✓ SiO₂ 虚拟基底案例
· ✓ 模拟盒子移动与尺寸调整
· ✓ GROMACS 完整模拟流程
这套课程的重点不是只告诉你“墙参数怎么写”，而是让你真正知道：虚拟基底如何定义、边界条件怎么配、拓扑参数怎么加，以及已有体系如何真正变成可运行的受限界面体系。 |
如果你的研究涉及固液界面、表面吸附、纳米限域、狭缝体系、基底效应，或液体/分子在固体表面的行为，这套课程非常适合作为 GROMACS 界面与限域体系模拟的专项入门。
课程相关图片：
