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Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作

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Step1:利用模拟得到的拓扑文件和估计文件,提取模拟前后的两帧结构

1. gmx trjconv -s md_test.tpr -f md_test.xtc -o first.pdb -sep -b 0 -e 0 -pbc mol

#提取首帧

2. gmx trjconv -s md_results_1.tpr -f md_results_1.xtc -o last.pdb -sep -b 100000 -e 100000 -pbc mol

#这里的结构一共100000帧,所以取最后一帧

两者都选择protein进行输出,这样我们就得到了firstlast这两个起始结构的pdb结构

Step2:利用pymol预处理

load first0.pdb    #加载

load last0.pdb

align last0, first0 #对齐

在命令框输入


Step3:利用pymol脚本(modevectors.py)进行再处理

modevectors.py下载地址:https://pymolwiki.org/index.php/Modevectors


Step4:查看工作路径,也可以更改工作路径,确保你的文件都在此路径下

Step5:开始运行pymol脚本,在命令框依次输入

run modevectors.py   #用于绘制豪猪图

modevectors first0, last0

center

zoom

show cartoon first0

show cartoon last0

最后的结果,差异体现在箭头处,箭头的指向是从初始到结束位置

其他的颜色,大小,清晰度都可以自己再去调整

最后, 有gromacs相关MD需求,欢迎通过公zhong号联系我们.

公zhong号:320科技工作室


制药诊断治疗理论材料分子动力学科普GROMACS
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2023-10-31
最近编辑:1年前
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硕士 | 结构工程师 lammps/ms/vasp/
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