刘建川・GROMACS 实战｜AmberTools 与ACPYPE 安装使用全攻略
AmberTools 对于 GROMACS 用户来说，主要是使用其生成小分子的 itp 文件。这里为大家介绍一下 AmberTool 、acpype 简单快速的安装方法和使用方法。不需要繁琐的编译，很快就能上手。安装该版本对于 GROMACS 用户来说已经足够可以使用。
1. 安装 Miniconda
（若有 Miniconda 或者 anaconda 可以不用安装）在下列网址下载对应版本的安装包。
https://www.anaconda.com/download/success
在终端执行下面命令即可安装：
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
若想直接初始化 conda，在下图中选择 yes：选择 no 也可以，不过需要自己配置一下环境变量，把下面语句加在自己 bashrc 文件里：
export PATH=/root/miniconda3/bin:$PATH
注意，这里 /root/miniconda3/bin 需要改成自己的安装路径。若安装有问题，可加入 QQ 群（709020941 ）咨询。
2. 安装 AmberTools
使用下面命令创建 AmberTools 的环境：
conda create --name AmberTools
创建完成之后，激活该环境（每次使用 AmberTools 均需要激活）：
conda activate AmberTools
激活后可以发现，命令行最前面显示了：（ AmberTools），有些机子不会显示。
使用下面命令安装 AmberTools：
conda install -c conda-forge ambertools compiler
目前来说，默认安装的是 AmberTools21 版本，若想用 22 版本，可以使用下面命令：
conda install -c conda-forge ambertools=22 compiler
不过该版本要求系统需要有一些高版本的库，可能会安装不上。
等系统安装完成，会提示如下图所示内容：输入 antechamber 命令回车测试是否安装成功。
3. 安装 acpype
直接在刚才创建的 ambertools 环境下，输入下面命令：
conda install -c conda-forge acpype
目前安装的是 2022.1.3 版本，安装完成之后输入：
acpype
提示下图即安装成功。
4. 使用 acpype
当使用 conda 方法同时安装 ambertools 和 acpype 之后，acpype 会自动调用 ambertools，生成 GROMACS 的 top、itp 文件。
1）acpype 可以支持 S MILES 格式输入，如生成一个 C4H6 分子：
acpype -i CCCC
运行完成会生成一个 s miles_molecule.acpype 文件夹，里面即为生成的 gro 文件和 itp 文件。即包括了 GAFF 力场的，也生成了 OPLS 力场。还有其小分子的限制文件。
注意，若使用 GAFF 力场，则选择：
s miles_molecule_GMX.gro
s miles_molecule_GMX.itp
s miles_molecule_GMX.top
若使用 OPLS 力场，则选择：
s miles_molecule_GMX.gro
s miles_molecule_GMX_OPLS.itp
s miles_molecule_GMX_OPLS.top
2）同样，我们也可以使用 pdb 文件作为输入：
acpype -i test.pdb
会生成 test.acpype 文件夹，里面包含了同样的内容。
3）若分子结构具有电荷，则可以使用下面命令：
acpype -i test1.pdb -n -1
上述命令为分子带 - 1 价。
4）还可以选择生成力场，在命令里面添加：-a {gaff,amber,gaff2,amber2} ，如想使用 amber，则输入命令：
acpype -i test1.pdb -a amber
默认的是：gaff2。上述 amber 代表 AMBER14SB 、amber2 代表 AMBER14SB +GAFF2。
