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gromacs统计角度、二面角分布

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统计角度、二面角分布 Gromacs 


     

   


     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

         

         
有时候我们关系分子内某个或者某些相同的角度、二面角的度数分布情况,可以使用GROMACS的gmx angle工具统计。         
1)统计键角分布            
如果只有一个键角需要统计,则新建一个名为ang.ndx的索引文件,里面手动输入该键角的全局ID,格式如下:         
   


[ ang ]4 2 5
   
        
即统计的是以2号原子为中心的4、5原子之间的角度。从该索引文件可以看出,4、2、5号原子不一定非要是有键链接,即任意三个原子之间的形成的角度均可以计算。          
如果有一些列角度需要统计,则继续在ang.ndx里面添加形成角度的序号即可,如:         
   




[ ang ]4 2 58 7 91 3 6
   
        
修改好ang.ndx之后,运行如下命令:         

gmx angle -f md.xtc -n ang.ndx -od angdist.xvg -ov angaver.xvg
   
        
生成的angdist.xvg文件记录的是这个/这些角度的分布概率,angaver.xvg文件记录的是这个/这些角度的平均值随模拟时间变化情况。         
注:如果ndx添加了多个角度的原子ID,则输出的结果是这些所有角度的总的分布概率。            
2)统计二面角分布            
统计二面角分布和上述键角分布概率相似,仅仅是在ndx文件里面写上4个原子的编号,如新建一个:dih.ndx的文件,里面写入:         
   


[ dih ]4 2 3 5
   
        
上述即为计算以2、3号原子为共边,4、5分别为面的二面角分布。即:4、2、3号原子组成一个面,2、3、4号原子组成另一个面,这两个面之间的角度。         
同样的,如果有多个相同的二面角需要统计,则添加相应的原子ID即可,如:         
   




[ dih ]4 2 3 56 7 9 1123 34 12 8
   
        
注:如果ndx添加了多个二面角的原子ID,则输出的结果是这些所有角度的总的分布概率。            
然后运行下面命令,下面命令多了一个:-type dihedral 指令,即让程序计算的是二面角:         

gmx angle -f md.xtc -n dhi.ndx -type dihedral -od angdist.xvg -ov angaver.xvg
   
        
生成的angdist.xvg文件记录的是这个/这些二面角的分布概率,angaver.xvg文件记录的是这个/这些角度的平均值随模拟时间变化情况。         




     

     



来源:模拟之家
GROMACS
著作权归作者所有,欢迎分享,未经许可,不得转载
首次发布时间:2024-10-26
最近编辑:24天前
刘十三613
博士 分子动力学、GROMACS
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