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开源代码大放送2

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文一:

 

LAMMPS-一个灵活的模拟工具,用于在原子、细观和连续尺度上建立基于粒子的材料模型

摘要:

自2004年经典分子动力学模拟器LAMMPS作为开源代码发布以来,它已成为一种广泛使用的工具,用于在从原子到中尺度再到连续体的长度尺度上对材料进行基于粒子的建模。它之所以受欢迎,是因为它为不同的材料提供了各种各样的粒子相互作用模型,它在任何平台上运行,从单个CPU核心到带加速器的最大超级计算机,它让用户可以通过输入脚本或添加新的原子间势、约束、诊断的代码来控制模拟细节,或其模型所需的其他特征。因此,数百人为LAMMPS贡献了新的功能,它已经从2004年的5万行代码发展到今天的100万行代码。本文介绍了LAMMPS中使用的几种基本算法,以及使其对用户和开发人员都具有灵活性的设计策略。我们还强调了最近添加到代码中的一些功能,这些功能是由这种灵活性实现的,包括动态负载平衡、动态可视化、磁自旋动力学模型和量子精度机器学习原子间潜力。

 

图:MPI并行仿真盒的三种空间分解(分区)

 

图:使用ReaxFF反应原子间势对包含空隙随机分布的冲击HNS分子晶体进行20M原子模拟的中途温度图

文二:

 

Freud: 一个用于粒子模拟数据高通量分析的软件套件

摘要:

freud Python包是一个用于分析模拟数据的库。freud在编写时考虑到了现代模拟和数据分析工作流程,为在笔记本电脑、工作站和超级计算集群上高效运行的快速并行C++例程提供了Python接口。该软件包提供了在周期系统中查找粒子邻居的核心工具,并为使用这些工具实现的各种方法提供了统一的API。因此,freud用户可以同样轻松地访问标准方法,如径向分布函数,以及更新的、更专业的方法,如平均力和扭矩的潜力和局部晶体环境分析。freud不是提供自己的轨迹数据结构,而是直接在NumPy数组上操作,或者在其他Python包提供的轨迹数据架构上操作。这种设计允许freud通过利用其他轨迹管理工具的文件解析能力,透明地与许多轨迹文件格式交互。由于对其数据源保持不可知性,freud适用于分析任何粒子模拟,无论原始数据表示或模拟方法如何。当与HOOMD blue等可编写脚本的模拟软件一起用于动态分析时,freud能够实现适应系统当前状态的智能模拟,允许用户研究成核和生长等现象。

 

图:freud库能够计算粒子系统的许多特征。在这里,我们在展示六进制排序的多边形的2D蒙特卡罗模拟中演示了其中的一些特征

 

图:可以使用各种有序参数来表征系统中的有序程度。随着系统变得全局有序,每粒子顺序参数值最终会收敛到统一的全局值。这些图显示了硬粒子在蒙特卡洛模拟过程中两阶参数的演变,随着时间的推移,硬粒子在压缩下重新排列成有序相。

 

图:环境匹配使我们能够检测粒子局部环境的变化

文三:

 

SPHinXsys:一个基于平滑粒子流体动力学的开源多物理和多分辨率库

摘要:

在本文中,我们提出了一个开源的多分辨率和多物理库SPHinXsys,它是在Apache许可证(2.0)下发布的。除了源代码外,还分发了一个完整的文档,以便于编译和执行。SPHinXsys旨在在统一的SPH框架内对耦合的多物理工业动态系统进行建模。它有两个重要的特点,即:(1)通用设计为特定领域的应用程序提供了非常好的灵活性的C++API,(2)可以耦合许多工业或科学应用程序的统一框架。当前版本(v0.2.0)包括流体动力学、固体动力学、热扩散和质量扩散、反应-扩散、机电学和流体-结构相互作用领域的广泛验证测试和应用。

 

图:典型的FSI问题涉及刚性固体(壁)体、弹性体和流体。墙体有两个部件(上部和下部)。弹性体由圆柱体(粒子被约束在原始位置)和弹性梁(粒子是柔性的)组成

 

图:SPHinXsys对具有剧烈波浪破碎和冲击事件的自由表面流的验证:3D溃坝流。(a) 粒子和压力分布的快照。(b) 浪涌波前的时间演变。(c) 在y=0.2处探测到的压力信号的时间历程。

 

图:SPHinXsys固体动力学验证:弯曲悬臂。(a) 变形配置和冯-米塞斯应力分布。(b) 自由端的位移剖面

 

图:SPHinXsys机电耦合的验证和应用。(a) 具有等向和各向异性材料特性的单位立方心肌的主动反应。(b) 普通双心室心脏:由作为涡旋波的跨膜电位诱导的耦合兴奋收缩。

文四:

 

TurboPy: 一个用于计算物理学的轻量级 python 框架

摘要:

计算物理学问题通常有一组共同的方面,任何特定的数字代码都必须解决这些方面。由于这些方面对于许多问题都是共同的,因此拥有一个已经设计并准备好使用的框架不仅将加速新代码的开发,而且还将增强代码之间的兼容性。

计算物理学问题的一些最常见的方面包括: 一个网格,一个跟踪模拟流程的时钟,以及一组描述网格上各种量的动态变化的模型。有一个框架,可以处理这些基本方面的模拟在一个共同的方式可以提供巨大的价值,通过解决各种数值和类设计问题,例行出现的计算科学家。

本文描述了我们为快速原型化新的物理代码而建立的新开发的计算框架。这个框架称为 turboPy,是一个基于粒子单元代码 turboWAVE 设计的轻量级物理建模框架。它实现了一个类(称为仿真) ,该类驱动仿真并管理物理模块之间的通信,一个类(称为物理模块)处理问题各个部分的动态细节,以及一些额外的类,如网格类和诊断类,以处理各种通常出现的辅助问题。

 

图:TurboPy 模拟的结构,显示组成模拟的对象的层次结构

文五:

 

HORES3D:用于流动模拟和多物理应用的高阶间断伽辽金解算器

摘要:

我们介绍了我们的高阶谱元解算器(HORSE3D)的最新发展,这是一个开源的高阶不连续伽辽金框架,能够解决各种流动应用,包括可压缩流(有或没有冲击)、不可压缩流、各种RANS和LES湍流模型、粒子动力学、多相流和空气声学。我们概述了高阶空间离散化(包括能量/熵稳定方案)和各向异性p自适应能力。该求解器使用MPI和OpenMP进行并行处理,显示出高达1000个处理器的良好可扩展性。时间离散化包括具有有效预处理器的显式、隐式、多重网格和双时间步长方案。此外,我们还通过无网格浸入边界技术促进了网格划分和模拟复杂几何形状。我们详细介绍了GitHub存储库中包含的可用文档和测试用例。

 

图:溃坝试验实例显示了初始条件和 t = 2s 时的流态

 

图:当M=0.85,Re=5.106和AoA=2.3时,通用研究模型(CRM)表面上的压力等值线◦ 使用具有分裂形式无粘性通量的HORSE3D RANS模块。

 

图:水和油的环形流动测试案例。在左边,给出了基于接口跟踪细化的p自适应方案的多项式阶分布。右侧显示了已开发流的流结构

 

图:雷诺兹200球面绕流的 p 适应网格实例

来源:STEM与计算机方法
多相流湍流通用python通信UM声学理论材料分子动力学LAMMPS数字孪生控制人工智能
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首次发布时间:2025-11-01
最近编辑:20小时前
江野
博士 等春风得意,等时间嘉许。
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应用数学(Applied mathematics)与机器学习的基础研究

文一: DeepXDE: 求解微分方程的深度学习库摘要:深度学习在各种应用中取得了显著的成功,然而,它在解偏微分方程(PDE)中的应用是最近才出现的。在这里,我们提出了物理知情神经网络(PINN)的概述,其中嵌入了一个偏微分方程的损失的神经网络使用自动微分。PINN 算法简单,适用于不同类型的偏微分方程,包括积分微分方程、分数阶偏微分方程和随机偏微分方程。此外,从实现的角度来看,PINN 解决反问题和解决正问题一样容易。为了提高 PINN 的训练效率,提出了一种新的基于残差的自适应细化(RAR)方法。出于教学原因,我们将 PINN 算法与标准有限元分析进行了比较。我们还介绍了一个用于 PINN 的 Python 库 DeepXDE,它既可以作为教学工具使用,也可以作为解决计算科学与工程问题的研究工具。具体来说,DeepXDE 可以解决给定初始条件和边界条件的正问题,以及给定一些额外测量的反问题。DeepXDE 支持基于构造实体几何技术的复杂几何域,并使用户代码更加紧凑,与数学公式非常相似。我们介绍了 DeepXDE 的用法和它的可定制性,并通过五个不同的例子展示了 PINN 的性能和 DeepXDE 的用户友好性。更广泛地说,DeepXDE 为新兴的科学机器学习领域的更快发展做出了贡献。 图:解决扩散方程的 PINN 示意图 图:训练过程中各频率振幅的收敛性。 图:PINN错误说明 图:说明用于求解IDE的PINN算法的修改的示意图。 图:PINN溶液与使用光谱元素法(SEM)获得的溶液的比较。文二: 随机微分方程数值模拟算法简介摘要:介绍了随机微分方程数值方法的实用性和易用性。假设读者熟悉确定微分方程的欧拉方法,并且至少对随机变量的概念有直观的感觉;然而,我们对高级概率论或随机过程没有任何了解。本文围绕10个MATLAB程序构建,涵盖的主题包括随机积分、Euler–Maruyama方法、Milstein方法、强收敛性和弱收敛性、线性稳定性和随机链式规则。 图:离散布朗路径 图:真解与电磁近似 图:均方和渐近稳定性检验 图:均方和渐近稳定区域文三: 大规模机器学习的优化方法摘要:本文对机器学习应用中的数字优化算法的过去、现在和未来进行了回顾和评论。通过文本分类和深度神经网络训练的案例研究,我们讨论了机器学习中如何出现操作优化问题,以及是什么使它们具有挑战性。我们研究的一个主要主题是,大规模机器学习代表了一种独特的环境,在这种环境中,随机梯度(SG)方法传统上发挥着核心作用,而传统的基于梯度的非线性优化技术通常会出现问题。基于这一观点,我们提出了一个简单但通用的SG算法的综合理论,讨论了它的实际行为,并强调了设计具有改进性能的算法的机会。这导致了对大规模机器学习的下一代优化方法的讨论,包括对减少随机方向噪声的技术和使用二阶导数近似的方法的两个主要研究流的调查。 图:三个不同研究小组在三个标准语音识别基准上报告的单词错误率。 图:图像识别体系结构 图:ImageNet图像分类挑战年度冠军的历史前5名错误率。卷积神经网络(CNN)在2012年实现了比所有传统方法的显著性能改进。接下来的几年巩固了细胞神经网络作为视觉对象识别领域的最新技术 图:从图3.3看示意图,重点是二阶方法。文四: 深度学习:应用数学家导论摘要:多层人工神经网络在许多应用领域正成为一种普及的工具。这场深度学习革命的核心是来自应用数学和计算数学的熟悉概念,尤其是微积分、近似理论、优化和线性代数。本文从应用数学的角度简要介绍了深度学习的基本思想。我们的目标受众包括渴望了解该领域的数学研究生和大四本科生。这篇文章也可能对那些希望通过参考深度学习技术的应用来活跃课堂的数学教师有用。我们关注三个基本问题:什么是深度神经网络?网络是如何训练的?什么是随机梯度法?我们用一个简短的MATLAB代码来说明这些想法,该代码用于建立和训练网络。我们还演示了在大规模图像分类问题上使用最先进的软件。我们最后参考了当前的文献。 图:S形函数 图:一个有四层的网络。 图:概述了 CNN 用于图像分类的任务 图:经过训练的网络错误分类的16张图像文五: 了解图的嵌入方法及其应用摘要:图分析可以更好地定量理解和控制复杂网络,但传统方法存在计算成本高、内存要求过高等问题,这些问题与工业规模网络的高维性和异构性有关。图嵌入技术可以有效地将高维稀疏图转换为低维、密集、连续的向量空间,最大限度地保留图的结构性质。另一种新兴的图嵌入方法是使用基于正态分布的图嵌入来进行重要的不确定性估计。图嵌入方法的主要目标是将每个节点的属性集成到一个维数较小的向量中,从而可以利用标准度量方法在嵌入向量空间中量化原始复杂不规则空间中的节点相似性。在潜空间中生成的非线性、高度信息化的图形嵌入可以方便地用于处理不同的下游图形分析任务(如节点分类、链接预测、社区检测、可视化等)。本文介绍了图分析和图嵌入方法的一些基本概念,重点介绍了基于随机游动和基于神经网络的图嵌入方法。我们还讨论了新兴的基于深度学习的动态图嵌入方法。我们强调了图形嵌入方法在四种不同应用中的独特优势,并在补充材料中提供了实现细节和对开源软件以及可用数据库的参考,以帮助感兴趣的读者开始探索图形分析。 图:图(节点)嵌入示意图 图:不同类型的图及其对应的邻接矩阵表示 图:节点邻域采样技术。 图:基于随机游动的流水线图嵌入方法来源:STEM与计算机方法

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