本专题视频课程内容包括:1、 生物膜的简介2、 双层膜的构建和模拟:DPPC为例3、 混合膜的构建和模拟:PC和胆固醇为例4、 膜蛋白的构建和模拟...
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GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体...
之前介绍过GROMACS中膜蛋白体系的构建。按照官方的介绍,通过将磷脂构象盒力场准备好,然后在模拟盒子内进行磷脂的组装,最后将蛋白嵌入在磷脂...
小分子配体可以广泛应用在生物领域例如药物设计等,其中在生物应用领域,蛋白质是最为广泛的药物靶点。本文介绍一种建立力场的方式以及在蛋白...
自由能形貌(freeenergylandscape,FEL)表征了模拟过程中蛋白质的自由能变化。自由能形貌图一般通过两个描述体系特征的量来进行绘制,例如RM...
副本交换分子动力学(REMD)是一种可用于加快任何类型模拟采样的方法,尤其是在构象被相对高能垒分隔的情况下。它涉及在不同温度下模拟同一系统...
随着近年来计算机算力的显著提升,计算机对于微观科学问题的解决发挥了非常重要的作用。目前理论、模拟和实验可谓解决科学问题的三辆并驾齐驱...
Step1:利用模拟得到的拓扑文件和估计文件,提取模拟前后的两帧结构1.gmxtrjconv-smd_test.tpr-fmd_test.xtc-ofirst.pdb-sep-b0-e0-pbcmol#提...
随着计算机技术的发展和计算能力的提升,以模拟和计算的方式去探究实验科学中无法看到的分子机制和细节对目前的科学研究具有极大的促进作用。...