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非键参数非键参数包括vanderWaals参数V(c6或σ,由组合规则决定)和W(c12或ϵ),它们列在ffnonbonded.itp文件中,其中的ptype是粒子类型[*type]指...
刘十三613
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Packmol的使用-构建分子动力学初始结构
以下文章来源于网络，若有侵权联系删除。Packmol简介Packmol是一个免费的、很有价值的构建分子动力学模拟初始结构的工具，非常流行。简单来说...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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GROMACS分析命令（二）：do_dssp计算蛋白二级结构
GROMACS程序调用第三方软件DSSP，从轨迹文件中读出蛋白质的二级结构信息。要使用该程序，必先安装好DSSP软件。安装DSSP完毕后(/home/user/sof...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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VMD使用教程（三）
VMD中的原子选择方法VMD提供了非常丰富的原子选择方法，可以实现非常复杂的原子选择问题。但语法上基本上是keyword+逻辑运算+通配符+数学表达...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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水结冰模拟及TIP4PICE水模型使用
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!本教程内容适用于Gromacs，包括：1.TIP4P/ICE水模型导入方法；2.冰水建模；转换TIP3P(SPC/E)...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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Gromacs结合自由能计算教程（三）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!一、准备拓扑文件对于一个有一定经验的分子模拟工作者而言，应该知道如何准备拓扑文件。如果...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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ubuntu-win-双系统安装包及教程
对于GROMACS用户来说，linux系统是必备的。那么如何轻松又快速的安装linux系统呢，下面给大家总结了方法。为什么不推荐大家安装虚拟机来安装l...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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linux版本vmd安装方法
做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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LigPlot显示对接后配体与受体相互作用的二维图
通过LigPlot软件制作蛋白质分子与配体分子相互作用图像，点击菜单栏“File-Open-PDBfile”打开PDB文件打开窗口。（获取LigPlot安装包和手册，...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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生成小分子力场TOP（ITP）文件(四)：生成charmm力场
Charmm力场介绍和安装Charmm力场由哈佛大学MartinKarplus教授（MartinKarplus教授2013年诺贝尔化学奖得主）所建立发展的。此力场可应用于研究...
刘十三613
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