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氢键的小秘密和GROMACS计算氢键的原理
1、当氢与F、O、N形成共价键时，键结电子被吸引偏向F、O、N原子而带部分负电荷，此时氢形成近似氢离子(H+)的状态，能吸引邻近电负性较大的F、...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2827
PDB文件格式说明
以下文章来源于MolSimu，作者JerkwinPDB(ProteinDataBank)是一种标准文件格式,其中包含原子的坐标等信息,提交给ProteinDataBankattheResearch...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2579
GROMACS如何使用其他水模型
进行分子动力学模拟，水分子十分重要，除非选择使用连续介质模型（implictitwatermodel）。水分子模型较多，选择这些模型要结合使用的力场，并...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
3126
Gromacs联用GAFF力场处理水溶剂下小分子动力学
与GROMACS偏重生物大分子模拟的力场不同，AMBER支持很多方便处理有机小分子的力场，如GAFF力场，简单而又有不错的精度，适合处理有机小分子；...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
3053
Gromacs结合自由能计算教程（二）
以下文章来源于网络，如有侵权,请联系管理员删除!如何计算自由能？续上回讲到的，上一章简要介绍了自由能计算的相关背景与炼金术热力学途径。...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1793
DeepView使用
DeepView(曾经叫做Swiss-PdbViewer),也叫DV或SPV，是一种界面友好，基于计算机应用，功能强大的三维图形软件工具。它是由瑞士日内瓦分子生物服...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
1602
一种适用于无机体系、金属体系、界面的力场
目前，对于GROMACS能用的力场来说基本上都是属于有机体系。虽然也发展了一些无机金属等原子的参数，但是模拟效果往往不乐观。Heinz团队开发出...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
3544
关于范德华力的一些知识
范德华力的定义是十分模糊的，以至于不同领域给出的答案可能有很大出入，我们国内教材上所说的范德华力大致都是这么说的：“范德华力是一种分...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
2629
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学：“定做”材料的高级理论阶段计算材料学（computationalmaterialsscience），是以物理、化学、材料等学科知识为基础，以大...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
3009
DLPGEN中文手册
DLPGEN中文手册：一种生成可极化力场的程序可极化力场是一种计算分子间相互作用的重要工具，可极化力场具有许多优点，是一种广泛应用于计算化...
刘十三613
分子动力学、GROMACS
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