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刘建川・GROMACS 实战 | 如何处理二硫键
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北大博士后GROMACS分子模拟典型问题答疑8月29日开启
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如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性
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通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能
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计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法简介
【引言】计算材料学:“定做”材料的高级理论阶段计算材料学(computationalmaterial...
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生成DNA的pdb结构文件的方法
有时候知道DNA序列,但是无法获取其结构时候。可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。1、...
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关键词:MARTINI粗粒化|脂质体|弯曲刚度|脂质翻转|有序结构域一、研究背景HIV-1作为一种包...
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GROMACS 水模型揭秘:刚性还是柔性?看懂 ITP 文件里的那些“暗号”
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刘建川・GROMACS 实战|一文读懂 TOP/ITP 文件
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上一篇,我们用同一份***结构比较了四种配图风格。这次继续使用这个文件,做一张能从不同方向观察结构的...
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刘建川·GROMACS TOP实战 第2篇|原子与电荷:模拟的起点,看懂[atoms]块
大家好,我是刘建川(网名刘十三),14年深耕GROMACS分子模拟领域,始终专注分子模拟实战教学。在...
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如何添加力场中不支持(没有)的离子
当我们的体系中含有某种离子的时候,恰好选用的力场里面又不包含此离子的参数,程序就会报如下类似的错误:...
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刘建川・GROMACS MDP 实战 第 6 篇|盒子、边界与平衡模拟
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GROMACS中的组概念
GROMACS的MD和分析程序可对用户自定义的原子组进行一些操作.组的最大数目为256,下面谈谈GM...
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