还在为gromacs无法分析特定区域的氢键而困扰?我们全新开发的氢键定向分析工具,让您彻底告别局限!只需简单指定目标区域(如结合口袋、酶活性位点、材料界面),即可实现以下功能。2025年7月9日20时,仿真秀优秀讲师,北京大学博士后刘十三613老师将使用Gromacs软件,围绕“氢键多维分析-从全局统计到局部特征的计算方法”主题,给给分子动力学模拟爱好者和Gromacs用户做一起线上公开课(欢迎Gromacs课程订阅用户报名参加直播加餐)。以下是直播的具体安排:
一、主讲嘉宾
刘十三613 北京大学博士后 仿真秀优秀讲师,资深分子模拟专家。他拥有丰富的分子模拟专业知识和科学研究经验,长期从事该领域重大项目研究,具有深厚的技术底蕴和专业背景。他在仿真秀为用户提供付费答疑和F分子动力学模拟技术指导,请点击查看分子动力学、第一性原理计算一对一指导、答疑
他在仿真秀的课程与培训作品如下:
2、GROMACS新手进阶必修课20讲:开启分子模拟科研之旅(2024版)
二、讲座主要内容
1、核心功能亮点:
第一、区域精准锁定
自由框选任意目标区域(支持坐标范围/残基编号/原子组)
动态追踪区域间氢键(如蛋白质-配体、溶剂-膜、纳米粒子-聚合物)
第二、全维度参数输出
数量统计:时序氢键数量、长度、角度
几何参数:
1)键长(D-H…A)精确至0.01Å
2)键角(∠D-H…A)动态范围150°-180°
第三、强度可视化革命:键长-角度联合热图
首创双参数热图技术,直观揭示氢键强度规律:
1)X轴:氢键长度(Å) → 越短越强
2)Y轴:氢键角度(°) → 越接近180°越稳定
3)热力色彩:暖色=高概率强氢键,冷色=弱/不稳定区域
2、颠覆性的应用场景
药物设计:定位结合口袋内强效氢键,指导抑制剂优化
生物膜研究:分析跨膜通道水分子链的氢键导向机制
材料科学:表征聚合物界面氢键网络稳定性
酶催化:揭示活性中心关键氢键的动态演化
3、专业答疑:刘老师坐镇,为您的每一个疑问提供详尽解答。
现场互动:不仅可以提前提交问题,还有机会现场连线,与专家面对面交流。
问题准备:每位参与者可以准备2-3个问题
三、适合谁看
1、理工学学子和高校教师;
2、化学、生物、物理科研工作者
3、分子动力学模拟兴趣爱好者和应用者
4、GROMACS仿真软件用户和兴趣爱好者