GROMACS分子模拟专题五:粗粒化力场建立和模拟仿真

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本课适合哪些人学习:

课程目标:进一步了解GROMACS相关知识

适用人群:在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术

进群分享交流,非诚勿扰,QQ群:709020941(模拟之家-SimuHome) 备注:仿真秀


你会得到什么:

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场,研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

该课程拟在为从事上诉科研领域人员提供GROMACS软件专业培训,提高相关人员的技术水平。

无论您前期是否接触过此软件,均可通过此次培训更加熟练的运用本领域的计算仿真。

该课程通过由易到难的知识讲解,让您对GROMACS软件使用有一个全面系统的学习,更好的补充您在自学中忽略的知识内容。


课程介绍:

粗粒化分子动力学(Coarse Grained Molecular Dynamics, CGMD)方法是近几年来发展起来的一种可以在介观尺度上描述分子体系演变过程的计算机模拟方法。相比于传统分子动力学模拟方法所能描述的尺度(纳秒,纳米),其最大特点是具有多尺度穿越性,即在有限的计算能力条件下,可以对大尺度(微秒、微米)的介观分子体系进行描述,同时保留指定分子的专一特性,这是传统分子动力学模拟无法做到的。

本视频课程主要讲解以下课程目录:

第一节:溶液中的蛋白粗粒化模拟

第二节:小分子粗粒化构建

第三节:磷脂膜、混合膜粗粒化的构建和模拟

第四节:膜蛋白粗粒化的构建和模拟

第五节:DNA、RNA粗粒化的构建和模拟

第六节:VMD显示粗粒化结果

本课程为付费用户提供VIP交流群和知识圈答疑,欢迎订阅用户联系仿真秀官方客服加入VIP群。讲师会根据用户交流和需要酌情加餐录制视频教程和直播等。

讲师刘十三博士,具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。  精通常见的分子动力学模拟软件:GROMACS, LAMMPS等,量子化学计算软件:Gaussian;熟练使用第一性原理模拟软件:VASP等,及其余常见软件:Material Studio,VMD等;熟悉Linux环境编程,熟练使用Python,Shell等编程语言;丰富的模拟知识授课经验;具备扎实的分子动力学等理论知识。具有几十次的分子动力学模拟模拟理论、专业技术讲授经验,已为全国相关领域的诸多研究生、老师授课,使其熟练掌握了分子模拟知识和技术。

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  • 第1讲 1-溶液中的蛋白粗粒化模拟
  • 第2讲 2-小分子粗粒化构建
  • 第3讲 3-磷脂膜、混合膜粗粒化的构建和模拟
  • 第4讲 4-膜蛋白粗粒化的构建和模拟
  • 第5讲 5-DNA、RNA粗粒化的构建和模拟
  • 第6讲 6-VMD显示粗粒化结果
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首次发布时间:2023-10-11
最近编辑:5月前
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