分子动力学GROMACS模拟仿真基础之补全蛋白缺失氨基酸或原子

本课适合哪些人学习：

课程目标：进一步了解GROMACS相关知识

适用人群：在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术

你会得到什么：

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场，研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

该课程拟在为从事上诉科研领域人员提供GROMACS软件专业培训，提高相关人员的技术水平。

无论您前期是否接触过此软件，均可通过此次培训更加熟练的运用本领域的计算仿真。

该课程通过由易到难的知识讲解，让您对GROMACS软件使用有一个全面系统的学习，更好的补充您在自学中忽略的知识内容。

课程介绍：

做蛋白模拟之前，必须对目标蛋白的pdb进行检查。主要是看是否缺失了氨基酸残基或者缺失了氨基酸上面的原子。如果有缺失，那么在模拟之前需要进行补全，不然模拟就会报错。本次课程全面深入的讲解了多种补全缺失氨基酸和缺失原子的方法。通俗易懂，上手即会。

目录：

第一节：如何补全氨基酸缺失的原子

第二节：如何补全缺失的氨基酸——方法一

第三节：如何补全缺失的氨基酸——方法二