刘建川・GROMACS 实战课（专题一） | 生物膜、膜蛋白的构建和模拟

本课适合哪些人学习：

这套课程更适合已经接触过 GROMACS，希望进一步开展生物膜、脂质双分子层和膜蛋白体系模拟的科研人员。

尤其适合：

正在做膜蛋白分子动力学模拟，但不知道如何正确构建膜环境的人

研究 脂质双分子层、混合膜、多组分膜、不对称膜 的硕士、博士和科研人员

研究 蛋白—膜相互作用、药物—膜体系、膜相关生物体系 的用户

已经会做普通蛋白模拟，但第一次接触膜体系，不清楚建模、溶剂化、索引和平衡流程的人

会使用 GROMACS，但主要依赖现成结构，希望真正掌握从零构建膜体系的人

希望掌握 CHARMM-GUI、packmol-memgen 等不同膜体系构建方案，提高复杂体系处理能力的人

课程内容不仅涉及膜蛋白建模，也覆盖混合脂质膜的建立与后续模拟流程。相关课程资料中还包含混合膜体系的构建、能量最小化以及后续 GROMACS 模拟过程。

你会得到什么：

01｜真正搞清楚膜体系“怎么搭”

很多同学会做普通蛋白模拟，但一碰到膜体系就不知道从哪里开始。

通过课程，你可以系统理解：

脂质组成 → 膜结构 → 模拟盒 → 溶剂 → 离子 → 索引 → 平衡 → GROMACS 模拟

不再只是照着零散教程复制命令。

02｜掌握膜蛋白正确放入膜中的方法

膜蛋白模拟不是简单把蛋白和膜放在一起。

蛋白的位置、方向、膜的组成以及体系尺寸都会直接影响后续建模。

课程会结合实际操作完成膜蛋白体系的构建；相关资料中包含从准备蛋白 PDB、进入 CHARMM-GUI，到设置膜组成、水层、离子等流程。

03｜能够处理更复杂的膜体系

科研中的膜往往不是简单的单一脂质膜。

课程进一步涉及：

混合脂质膜

多组分膜

不对称膜

膜蛋白体系

让学员面对自己的真实科研体系时，有更多可以选择的建模方法，而不是只能套用一个固定模板。

04｜从“会用工具”提升到“会做完整模拟”

课程重点不是告诉你某个网站怎么点，而是让你知道：

体系怎么建立？

建立以后怎么处理？

最后如何进入 GROMACS 继续模拟？

最终目标是让学员能够把一个膜体系真正搭起来、处理好、跑起来。

课程介绍：

本课程围绕膜体系分子动力学模拟设计的专题实战课程。

课程从实际科研需求出发，通过多个案例讲解：

✅ 生物膜与脂质双分子层体系构建
✅ 混合脂质膜建模
✅ 膜体系拓扑及模拟盒处理
✅ 溶剂化及膜内部不合理水分子处理
✅ 上下层膜索引建立
✅ 膜体系能量最小化与平衡
✅ CHARMM-GUI 膜蛋白体系构建
✅ 膜蛋白位置与方向处理
✅ 脂质组成、离子及体系参数设置
✅ packmol-memgen 膜体系构建
✅ 不对称膜体系
✅ 膜蛋白体系到 GROMACS 的完整模拟衔接

课程采用 GROMACS 2026.3 进行实操演示。

不是只教你“用哪个工具建膜”，而是带你理解并完成一套真正可以用于科研的膜体系建模与模拟流程。

适合希望从普通蛋白模拟进一步进入生物膜、膜蛋白及复杂脂质体系模拟的科研人员。

课程相关图片：