GROMACS分子模拟专题八:二氧化硅-石墨烯-氧化石墨烯等周期性体系的构建方法

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本课适合哪些人学习:

课程目标:进一步了解GROMACS相关知识

适用人群:在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术


你会得到什么:

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场,研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

该课程拟在为从事上诉科研领域人员提供GROMACS软件专业培训,提高相关人员的技术水平。

无论您前期是否接触过此软件,均可通过此次培训更加熟练的运用本领域的计算仿真。

该课程通过由易到难的知识讲解,让您对GROMACS软件使用有一个全面系统的学习,更好的补充您在自学中忽略的知识内容。


课程介绍:

本专题视频主要讲解:对于周期性很强的一些有机分子、无机矿物等的模拟,其分子的itp文件是不易从已有工具获得的。可以使用GROMACS自带的功能建模,本课程主要内容如下:

1) 石墨烯建模——获得结构以及其itp文件(Amber力场为例

2) 碳纳米管建模——获得结构以及其itp文件(OPLS-AA力场为例

3) 氧化石墨烯建模——获得结构以及其itp文件

4) 二氧化硅建模——获得结构以及其itp文件

5) 修饰二氧化硅建模——获得结构以及其itp文件

通过以上内容,可以获得做出几乎所有的周期性分子的ITP文件的技能。同样可以创建BN, SiC, CNT, SiN, PNT等材料的拓扑文件。此外,为付费用户提供VIP交流群和知识圈答疑,欢迎订阅用户联系仿真秀官方客服加入VIP群。讲师会根据用户交流和需要酌情加餐录制视频教程和直播等。

讲师刘十三博士,具有十多年的物理、化学、生物等学科的计算机模拟经验。  精通常见的分子动力学模拟软件:GROMACS, LAMMPS等,量子化学计算软件:Gaussian;熟练使用第一性原理模拟软件:VASP等,及其余常见软件:Material Studio,VMD等;熟悉Linux环境编程,熟练使用Python,Shell等编程语言;丰富的模拟知识授课经验;具备扎实的分子动力学等理论知识。具有几十次的分子动力学模拟模拟理论、专业技术讲授经验,已为全国相关领域的诸多研究生、老师授课,使其熟练掌握了分子模拟知识和技术。

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  • 第1讲 1-石墨烯-碳纳米管-氧化石墨烯建模
  • 第2讲 2-二氧化硅-修饰二氧化硅建模
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首次发布时间:2023-10-12
最近编辑:3月前
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