分子动力学GROMACS模拟仿真基础之补全蛋白缺失氨基酸或原子

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本课适合哪些人学习:

课程目标:进一步了解GROMACS相关知识

适用人群:在分子动力学模拟方面零基础、想进一步提升自己的模拟技术


你会得到什么:

GROMACS是用于研究生物、化学、物理等学科中分子微观机理的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。

它的模拟程序包含GROMACS力场、AMBER力场等诸多力场,研究的范围可以包括玻璃和液晶、聚合物、晶体、界面体系和生物分子溶液(蛋白质、核苷酸、糖等)。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

该课程拟在为从事上诉科研领域人员提供GROMACS软件专业培训,提高相关人员的技术水平。

无论您前期是否接触过此软件,均可通过此次培训更加熟练的运用本领域的计算仿真。

该课程通过由易到难的知识讲解,让您对GROMACS软件使用有一个全面系统的学习,更好的补充您在自学中忽略的知识内容。


课程介绍:

做蛋白模拟之前,必须对目标蛋白的pdb进行检查。主要是看是否缺失了氨基酸残基或者缺失了氨基酸上面的原子。如果有缺失,那么在模拟之前需要进行补全,不然模拟就会报错。本次课程全面深入的讲解了多种补全缺失氨基酸和缺失原子的方法。通俗易懂,上手即会。

目录:

第一节:如何补全氨基酸缺失的原子

第二节:如何补全缺失的氨基酸——方法一

第三节:如何补全缺失的氨基酸——方法二

  • 第1讲 1-如何补全氨基酸缺失的原子
  • 第2讲 2-如何补全缺失的氨基酸——方法一
  • 第3讲 3-如何补全缺失的氨基酸——方法二
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首次发布时间:2023-09-28
最近编辑:4月前
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